O pagamento será através de Darf com código 1438 - Multa por Falta ou Atraso na Entrega da Escrituração Contábil Digital (ECD), mas eu recomendaria a voce esperar a manifestação da RFB, visto que, em 2008 foi o 1º ano do Sped e pode ser que a RFB revise a cobrança desta multa.
base legal: Ato Declaratório Executivo Codac nº 86, de 3 de novembro de 2009, DOU de 05.11.2009.